在创新驱动发展、创新型国家的庞大话题域中，同行评议制度改革没有显著的位置，相关讨论主要集中在诸如扩大专家库、设置更合理的专家选取机制等具体问题。虽然这些讨论非常重要，操作层面的改善也确实有助于同行评议制度的有效运行，但坦率地讲，这种技术层面的小调小修无法适应同行评议需要完成的“两线作战”目标。
在标准的定义中，同行评议被看作是科学界内部的一个决策程序，是一套用来评价科学工作的有条理的方法，科学家们用它来证明程序的正确性、确认结果的合理性，以及分配稀缺资源的有效性（比如期刊篇幅、研究资助、学术声誉等）。但事实上，除此之外，同行评议更是科学系统与其他社会系统关系的枢纽，作为一条为社会系统中各种观点互动、各种利益协调的渠道，它需要保证科学研究为其所在的社会负责。换句话说，同行评议不仅需要面对科学共同体内部的观点和利益差异，还需要有效回应其他社会系统对科学系统的差异化要求，这“两条线”对同行评议来讲，都不可或缺。
然而，令人忧虑的是，时有曝光的科研人员（其中不乏一些顶尖科学家）剽窃、造假及腐败丑闻，降低了公众对科学家群体、科研机构和政府科技管理部门的信任程度。一些研究发现，近年来，公众对科学家的印象呈现“去崇高化”的趋势，对其科研精神和道德水平的评价都有所降低。一部分人甚至全面怀疑科学共同体是否具有自我纠错、自我调整和自我管理的能力，包括经同行评议的知识是否可靠、科研经费是否遭到滥用、科研成果是否只服务于特定个人或群体利益等。
没错，在一些具体案件的报道中，媒体的歪曲、夸大，以及科研人员出于不敢、不愿或不屑而刻意保持的沉默助长了错误的舆论，误导了部分公众。但是，对同行评议根本性的挑战其实是来自于科学组织方式和科技应用方式的深刻变化。随着科技与经济社会发展结合越来越紧密，社会对科学知识生产的投入规模和生产方式发生了巨大变化，科学越来越体制化和职业化，科学活动早已不再是少数社会精英的兴趣爱好，而成为千百万人谋生的专门职业。科技活动与各种经济社会利益的直接勾连，让建基于“科学精神气质”上的科学共同体公信力受到很大挑战。在这个过程中，传统的同行评议制度变得越来越跛脚，难以承受“两线作战”之重。
从这个意义上说，更好的同行评议制度，应该能够让科研人员敢于、愿意与公众沟通，并藉此影响舆论。更重要的是，更好的同行评议制度不能再建立在“纯粹的科学”假定基础之上，而是应该在科技—社会的动态、复杂关系框架里，能够同时服务于几种不完全协调的逻辑，并在其间保持微妙的平衡。就此而言，同行评议制度改革才刚刚踏上“两线作战”的漫漫征途。
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