与“系制中心”遥遥相对的“防务医学院预防医学研究所”，则是台军生化防护作战秘密基地。位在北横支线入口、保一总队大埔营区附近的“预医所”，由和台湾有军事合作关系的以色列规划，与“系制中心”约10分钟车程，地方传言两机关有山洞互通，但未获证实。
“预医所”最为人津津乐道的，就是拥有全台唯一、甚至独步全球的P4级实验室，若非当年SARS横行，时任台湾当局领导人的陈水扁下令“预医所”研发疫苗，台湾民众还不知三峡山区竟有这等军事重地。
报道称，“预医所”几可与生化防护武器划等号，入口特别设计一道土垒高墙，避免闲杂人一览无遗，整个“预医所”隐蔽在山里更增添神祕感。不仅民众对“预医所”感到神秘，三峡“系制中心”、“预医所”及龙潭“中科院核研所”，也是卫星瞄准对象，堪称全台最神秘军事重镇。
