此外，侵华日军还设立专门机构专事掠夺中国珍贵图书典籍。如1937年12月成立的“华中占领地区图书文献接收委员会”，由日军特务部门主持组成，其任务是劫夺上海、南京、杭州等地的珍贵图书。自1938年1月下旬起，日军文化特务对南京70多处藏书地进行调查，部分善本被劫运日本。国民政府中央图书馆存在香港冯平山图书馆的善本3.5万余册，被劫藏于东京帝国图书馆及伊势原等处。
战前，中国图书馆计有1848所，因遭日军侵略摧残，1943年统计时仅为940所，约为战前的50.86％。据1946年1月国民政府教育部的不完全统计，全国抗战的8年间，全国图书损失为：公藏图书225.3万余册，另5360种411箱4.4万余部；私藏图书48.8万余册，另1.8万余种168箱1215部。实际损失数远不止于此。日本侵华战争造成中国图书馆的破坏和图书损失，严重影响了中国文化教育事业的发展。
文物古迹惨遭掠夺损毁。日本在侵华战争期间，大肆掠夺和毁坏文物古迹，给中国这个历史悠久的文明古国造成了空前的劫难和无可挽回的损失。
日本一些以“考古”为幌子的学会、学者实为文化侵略者，这些组织或个人紧随日军的侵略步伐，对中国各地墓葬、遗址进行劫掠式考古调查与发掘，然后把珍贵文物劫掠回国。日本东亚考古学会等先后发掘貔子窝先史遗址、汉代牧羊城址、营城子汉墓、辽代遗址、渤海上京龙泉府的宫殿遗址、北大古城址、珲春八连城宫殿址；在华北、华中，发掘了邯郸赵王城遗址、齐国故城遗址及滕、薛二国故城遗址，曲阜汉鲁灵光殿遗址，商都殷墟遗址等。1938年5月，松本信广等人在杭州、南京、信阳等地发掘，并将所得文物劫藏于日本庆应大学。
中国古建筑因轰炸、焚烧而遭受空前的劫难。堪称世界第一的南京砖石城墙，中华门城堡箭楼、光华门城墙、中华门城墙大部分被炸毁。1937年12月，日军在镇江焦山古寺放火，碧山庵、松寥阁、水晶庵被付之一炬，定慧寺被烧毁古建筑119间。南京夫子庙的棂星门、大成殿与所有配殿、楼阁悉遭破坏，南郊的牛首山古寺庙被炸毁，秦淮河一带大片明清民居沦为废墟。1938年8月，有1200余年历史的北平云居寺，也因日机轰炸而夷为平地。
日军盘踞山西期间，方山、襄垣、汾阳3县即有279处颇具价值的古代建筑被烧毁。山西沁县被日军毁坏的古代寺庙庵观，就有北魏时期的乔村永泰寺、开村普兴寺，唐代的南景圆通寺、仁胜广济寺，宋代的乌苏大明寺，元代的端村永庆寺，明代的烟立福兴寺、北漳石佛寺等36处。内蒙古召庙王爱召，气势恢宏，有庙亭259间、正殿49间，两旁建有钟鼓楼，内供奉伊克昭盟七族祖先的13座塔坟，全部采用银质建造并镀金裱。1941年2月9日，日军闯入王爱召洗劫3天，把嵌有金银的佛像、马鞍、弓箭、壁挂及珍贵的经卷等抢劫一空后，将该寺焚毁殆尽。
1938年4月，日机轰炸长沙，创建于宋太祖开宝九年（976年）的岳麓书院被毁。1940年，日军为修建兵营，拆毁湖北荆沙地区20余处名胜古迹。为修建飞机场，日军拆毁了具有1500余年历史的荆州承天寺。
日军对寺庙、碑塔、庐墓的破坏，则以山西、山东、河南为最烈，可谓无庙不毁。高密的晏子像、菏泽的僧格林沁像、郯城的孝昌碑和郯子墓、沂水的古塔、安阳的玄庙观和南阳的诸葛庐等所有的古物、古迹和建筑，均先后被毁。
中国的博物馆也遭受严重损毁。上海博物馆在1937年八一三抗战中被日军炸毁。战前，全国较有影响的博物馆有37家，到1944年仅存18家，较战前减少一半以上。其他如附设于学校或图书馆中的博物馆则有3／4被毁。中央博物院筹备处存于北平，由王振铎保管的书籍、拓本、字画及器物共88件，在北平沦陷后被劫。“北京人”头盖骨化石在转运中失踪，更成为世界科学史上的重大损失。
1946年，国民政府教育部编制的《中国战时文物损失数量及估价总目》，收录17个省（东北除外）的图书、文物、字画、碑帖、古迹、古建筑等损失，计360余万件又1870箱，古迹741处。
日本侵略者对中国文化的破坏、对典籍古物的毁坏和劫夺，给中国造成了亘古未有的巨大灾难和无可挽回的巨大损失。
