只有处理好政府和市场的关系，才能推动科技创新与经济社会发展紧密结合。第一，让企业真正成为技术创新主体。着力构建以企业为主体、市场为导向、产学研结合的技术创新体系，让企业真正成为技术创新的主体，即成为技术创新决策、研发投入、科研组织、成果转化的主体，变“要我创新”为“我要创新”。以企业需求为优先顺序配置创新资源，支持和引导创新要素向企业聚集，不断增强企业创新动力、创新活力、创新实力。
第二，通过市场筛选培育新兴产业。在一般性产业中，发展哪些行业或选择何种技术路线应该由企业决定，政府不要大包大揽，不该管也管不好的事就不要管。培育公平的市场环境，通过市场筛选把新兴产业培育起来，特别要发挥好中小微企业应对技术路线和商业模式变化的独特优势。
第三，推进政府科技管理体制改革。以转变职能为目标，做好“三个分工”和“一个加强”，即政府和市场分工、中央各部门功能性分工、中央和地方分工，加强党对科技工作的领导。政府从分钱分物的具体事项中解脱出来，集中力量抓战略规划和政策环境，提高宏观管理和预算统筹协调能力，研究提出中央财政科技资金管理方案；同时选择一批体现国家战略意图的重大科技项目和重大工程，在关系国计民生和产业命脉的领域积极作为，加强支持，统筹协调，组织全社会力量来推动。
第四，构建总体布局合理、功能定位清晰、具有中国特色的科技计划体系和管理制度。政府部门主要负责科技计划（专项、基金）的宏观管理，不再直接具体管理项目，通过统一的国家科技管理平台，建立决策、咨询、执行、评价、监管各环节职责清晰、协调衔接的新体系。
第五，加强公共服务和监管。加强和优化公共服务，把公共财政投资形成的国家重大科研基础设施和大型科研仪器向社会开放，让它们更好地为科技创新服务、为社会服务。保障公平竞争，加强市场监管，维护市场秩序，推动可持续发展，促进共同富裕，弥补市场失灵。
要从科技体制改革和经济社会领域改革两个方面同步发力。科技成果向现实生产力转化不力、不顺、不畅的问题，除了科技体制的原因以外，还有一个重要原因，就是在经济和社会体制方面存在着诸多体制机制关卡。比如，市场秩序不规范，以不正当手段谋取经济利益的现象广泛存在：生产要素市场发展滞后，要素闲置和大量有效需求得不到满足；市场规划不统一，部门保护主义和地方保护主义大量存在；市场竞争不充分，阻碍优胜劣汰和结构调整，等等。单纯进行科技体制改革，或者单纯进行经济体制改革，都难以奏效。根据这种情况，习近平同志深刻指出，改革要着力从科技和经济社会两个方面同步发力。这就指明了现阶段必须进行配套改革，打通从科技强到产业强、经济强、国家强的通道。
2013年，在十八届二中全会第二次全体会议上，习近平同志指出：“要深入研究全面深化体制改革的顶层设计和总体规划，加强对各项改革关联性的研判，把经济、政治、文化、社会、生态等方面的体制改革有机结合起来，把理论创新、制度创新、科技创新、文化创新以及其他各方面创新有机衔接起来。”在参加全国政协十二届第一次会议联组讨论时又讲：“科技体制改革必须与其他方面改革协同推进，加强完善科技创新管理，促进创新链、产业链、市场需求有机衔接。”2014年在中科院、工程院两院大会讲话中进一步指出，“要着力从科技体制改革和经济社会领域改革两个方面同步发力”。
