四、仲裁庭否定中菲两国存在通过谈判解决相关争端的协议，曲解《公约》第281条规定，错误行使管辖权
仲裁庭行使管辖必须符合《公约》第281条规定的前提条件。该条规定，如争端各方“已协议用自行选择的和平方法来谋求解决争端，则只有在诉诸这种方法而仍未得到解决以及争端各方间的协议并不排除任何其他程序的情形下”，才适用《公约》第十五部分规定的争端解决程序（第281条第1款）。依据该条，本案仲裁庭要确立管辖权，关键是要查明中菲之间是否存在自行解决争端的“协议”，以及如果存在“协议”，该“协议”是否排除了包括仲裁在内的“任何其他程序”。
何谓《公约》第281条所称的“协议”？该条仅提及“协议”一词，没有对其形式作出任何限制性规定。根据1969年《维也纳条约法公约》第31条的规定，《公约》应按其文字通常含义解释。在《公约》第281条中，无论是动词形式的“协议”，还是名词形式的“协议”，其含义都是指意思表示一致或合意。该条强调合意行为本身，而非体现这种合意的形式或载体。只要存在当事方在自愿的基础上达成一致的行为，无论是口头还是书面，无论是采取条约还是其他国际文书的形式，无论表现为一个或多个文件还是一个或多个文件中的具体条款，都构成第281条所称的“协议”。如果当事方就自行选择争端解决方式达成了“协议”，依据《公约》，当事方即承担了按照“协议”行事的国际义务。
中菲之间存在《公约》第281条所称的“协议”。一系列中菲双边文件和中菲均参加的《南海各方行为宣言》（下称《宣言》），确认了双方通过谈判和磋商解决有关南海争端的共识，表明存在此种“协议”。
例如，1995年8月10日《中华人民共和国和菲律宾共和国关于南海问题和其他领域合作的磋商联合声明》指出，双方“同意遵守”下列原则，包括“有关争议应通过平等和相互尊重基础上的磋商和平友好地加以解决”（第一点）；“双方承诺循序渐进地进行合作，最终谈判解决双方争议”（第三点）；“争议应由直接有关国家解决”（第八点）等。
1999年3月23日《中菲建立信任措施工作小组会议联合公报》指出，“双方……同意通过协商和平解决争议”（第12段）。
2000年5月16日《中华人民共和国政府和菲律宾共和国政府关于21世纪双边合作框架的联合声明》第九点指出：“双方致力于维护南海的和平与稳定，同意根据公认的国际法原则，包括1982年《联合国海洋法公约》，通过双边友好协商和谈判促进争议的和平解决。双方重申遵守1995年中菲两国关于南海问题的联合声明。”
中菲之间关于以谈判方式解决有关争端的共识在地区多边文件中也得到确认。2002年11月4日，时任菲律宾外长布拉斯·奥普雷连同其他9个东盟国家外长和外交大臣，以及作为中国政府代表的时任中国外交部副部长王毅共同签署了《宣言》。《宣言》第4条明确规定，“有关各方承诺根据公认的国际法原则，包括1982年《联合国海洋法公约》，由直接有关的主权国家通过友好磋商和谈判，以和平方式解决它们的领土和管辖权争议”。
此后，中菲两国领导人发表的多个双边文件都重申积极落实或遵守《宣言》相关条款，包括《宣言》第4条关于谈判解决有关争端的规定。2004年9月3日，时任菲律宾总统阿罗约对中国进行国事访问，双方发表《中华人民共和国政府和菲律宾共和国政府联合新闻公报》称，“双方一致认为尽快积极落实中国与东盟于2002年签署的《南海各方行为宣言》有助于将南海变为合作之海”（第16段）。2011年9月1日，菲律宾总统阿基诺对中国进行国事访问期间，双方发表《中华人民共和国和菲律宾共和国联合声明》，“重申将通过和平对话处理争议”，并“重申尊重和遵守中国与东盟国家于2002年签署的《南海各方行为宣言》”（第15段）。该《联合声明》再次确认了《宣言》第4条关于谈判解决有关争端的规定。
2014年8月1日，菲律宾外交部提出解决南海问题的倡议，要求各方遵守《宣言》第5条的规定，并且“全面、有效执行《宣言》”。
