一、仲裁庭错误认定菲律宾所提诉求构成中菲两国有关《公约》解释或适用的争端
仲裁庭承认，根据《公约》第288条第1款，仲裁庭仅对“有关《公约》解释和适用的争端”具有管辖权（《裁决》第130段）。仲裁庭亦承认，确定管辖权需解决两个问题，一是中菲之间是否就仲裁事项存在争端，二是该争端是否涉及《公约》的解释或适用。仲裁庭得出的结论是，“在仲裁程序中，就菲律宾所有诉求提出的事项而言，当事方之间存在着有关《公约》解释和适用的争端”（《裁决》第178段）。这一结论不能成立。
（一）仲裁庭错误认定有关诉求构成中菲两国之间的争端
在国际司法或仲裁程序中，争端是指“对于法律或事实观点的分歧，是双方在法律观点或利益上的冲突”（《裁决》第149段，引自常设国际法院1924年马弗罗马蒂斯巴勒斯坦特许权案管辖权判决第11页）。国际法院以及其他国际司法或仲裁机构在实践中广泛沿用这一经典定义。
国际实践表明，要认定争端的存在，首先必须证明提起诉讼或仲裁程序时当事方之间存在具体的分歧事项。正如国际法院2011年在格鲁吉亚-俄罗斯案判决中所称，当事方在提起程序前“必须足够清楚地提到相关条约的主题事项，以让对方识别出就该事项存在或可能存在争端”（关于初步反对事项的判决第30段）。其次，仅仅证明当事方之间存在分歧事项还不够，还须证明当事方是就“同一”事项或主张存在有针对性的分歧或争点。国际法院1962年在西南非洲案中指出，要证明争端的存在，“必须显示一方的主张被另一方有针对性地反对”（《裁决》第149段，引自西南非洲案关于初步反对事项的判决第328页）。因此，某一当事方的单方面主张不足以证明争端的存在。要证明争端存在，就要查明当事方之间就同一事项持有相反的态度或观点。国际法院在许多案件中正是基于这一标准来认定争端的存在（参见2016年尼加拉瓜-哥伦比亚侵害海洋权利案关于初步反对事项的判决第67至79段，2011年格鲁吉亚-俄罗斯案关于初步反对事项的判决第30至31段，1995年东帝汶案判决第22段等）。
本案中，仲裁庭明显没有遵循上述国际法规则和实践来认定是否存在争端。例如：
菲律宾第3项诉求提出，黄岩岛不能产生专属经济区或大陆架。要认定该诉求构成中菲之间的争端，仲裁庭必须基于事实证明，菲律宾在提起仲裁前曾向中国提出过上述主张，而中国就此提出过反对。但是，仲裁庭未能做到。
菲律宾第4项诉求提出，美济礁、仁爱礁和渚碧礁是低潮高地，不能产生领海、专属经济区或大陆架。要认定该诉求构成中菲之间的争端，仲裁庭必须基于事实证明，菲律宾在提起仲裁前曾向中国提出过上述主张，而中国就此表示过反对。但是，仲裁庭未能做到。
菲律宾第6项诉求提出，南薰礁和西门礁（包括东门礁）是低潮高地，不能产生领海、专属经济区或大陆架。要认定该诉求构成中菲之间的争端，仲裁庭必须基于事实证明，菲律宾在提起仲裁前曾向中国提出过上述主张，而中国就此表示过反对。但是，仲裁庭未能做到。
菲律宾第7项诉求提出，赤瓜礁、华阳礁和永暑礁不能产生专属经济区或大陆架。要认定该诉求构成中菲之间的争端，仲裁庭必须基于事实证明，菲律宾在提起仲裁前曾向中国提出过上述主张，而中国就此表示过反对。但是，仲裁庭未能做到。
由此可见，仲裁庭本应作出的正确结论是上述诉求不构成中菲之间的争端。但遗憾的是，仲裁庭没有遵循上述国际法的要求对这些诉求进行逐项分析，而是将这些诉求“捆绑”在一起，并认为它们“反映了有关岛礁地位和南海海洋权利来源的争端”（《裁决》第169段），以此来推断中菲两国就上述诉求存在争端。这实际上是在偷换概念，将“具体”岛礁的地位及其海洋权利问题转换成“一般性”的岛礁地位和南海海洋权利来源的分歧，来掩盖其不能证明菲律宾就上述9个岛礁的地位及其海洋权利所提的单方面主张构成中菲之间争端的事实。仲裁庭还自我辩解称，有关南海海洋权利的争端“不因缺乏针对每一单个地物进行点对点的意见交换而被否定”（《裁决》第170段），但并没有阐明作出该结论的国际法依据，只是搪塞称必须“区分争端本身和当事方用来支持其争端诉求的论据”（《裁决》第170段），这在法律上不能令人信服。
事实上，中菲两国就菲律宾第3项、第4项、第6项和第7项诉求根本就不存在真实的“争点”。中国历来对包括黄岩岛在内的整个中沙群岛和包括美济礁等8个岛礁在内的整个南沙群岛主张并享有领土主权，未单独就菲律宾所提黄岩岛、美济礁、仁爱礁等单个岛礁的地位表达过立场，也未提出相关单个岛礁能产生何种海洋权利。而菲律宾是就单个岛礁的地位及其海洋权利提出诉求。这表明，中菲两国的主张涉及不同问题，并非针对同一事项，也不存在有针对性的反对，因此谈不上构成争端。
中菲两国在南海问题上的确存在分歧，但这些分歧根本上是两国在南海的领土主权和海域划界问题，并非两国围绕菲律宾所提有关仲裁事项的争端。国际司法或仲裁机构处理的应是“真实”当事方关于“真实”问题的“真实”争端。但本案仲裁庭曲解中国观点，错误认定中菲两国就菲律宾所提仲裁事项存在争端。
