上述文件在提及以谈判方式解决有关争端时，反复使用了“同意”、“承诺”和“应”等措辞，确立两国之间相关义务的意图非常明显。这些条款一脉相承，确有创设国际义务的合意，表明双方就争端解决方式存在“协议”。
同时，中菲两国之间达成的《公约》第281条所称“协议”，已排除了包括仲裁在内的任何其他程序。《公约》第281条对如何“排除任何其他程序”未作规定。仲裁庭认为，“更合理的观点是第281条要求排除其他程序必须明示作出”（《裁决》第223段），这一观点难以成立。协议是否具有排他的效力，本质上取决于协议当事方的真实意图，而非作出意思表示的具体方式。正如南方蓝鳍金枪鱼案仲裁庭2000年所称，“缺少对任何程序的明示排除……不是决定性的”（裁决第57段）。中菲两国在双边文件和《宣言》中达成通过谈判解决争议的相关条款，其主要目的和意义就在于排除包括仲裁在内的第三方争端解决方式。
中菲双边文件和《宣言》第4条反复强调，在南海的争端必须由直接有关的主权国家通过谈判方式和平解决，显然排除了第三方争端解决程序。例如，1995年8月10日《中华人民共和国和菲律宾共和国关于南海问题和其他领域合作的磋商联合声明》第三点指出，“双方承诺循序渐进地进行合作，最终谈判解决双方争议”。这里的“最终”一词显然在强调“谈判”是双方唯一的争端解决方式，双方决定采用谈判方式的同时，就意味着排除了任何其他争端解决程序。2000年5月16日《中华人民共和国政府和菲律宾共和国政府关于21世纪双边合作框架的联合声明》第九点重申，“遵守1995年中菲两国关于南海问题的联合声明”。2009年8月18日，越南在致联合国秘书长的照会中明确指出，“所有关于南海的争端必须通过友好谈判解决，相关谈判应根据国际法，特别是1982年《联合国海洋法公约》和《南海各方行为宣言》进行”，这是《宣言》第4条具有排除其他程序意图的又一佐证。
中国遵循和平解决国际争端的原则，并尊重各国自主选择和平解决争端方式的权利。在涉及领土主权和海洋权益等问题上，坚持通过谈判协商和平解决争端，不接受任何第三方强制程序。这既是中国长期奉行的外交政策，也是中国政府的一贯实践，从无例外。坚持这一立场，不仅基于当事方“合意”是化解分歧的根本这一实际考虑，也与几千年来中国崇尚“和为贵”、“非讼”的文化传统一脉相承。在上述中菲双边文件和《宣言》的制订过程中，中国的这一立场始终是明确的，菲律宾及其他有关各方对此也十分清楚。
总而言之，中菲一系列双边文件和《宣言》相关规定构成《公约》第281条所称的“协议”，而且其排除适用任何其他程序，中菲两国据此承担了通过谈判解决争端的国际义务，而不得诉诸仲裁等强制争端解决程序。
仲裁庭认为，无论是中菲之间的双边文件，还是《宣言》，都不构成两国之间具有法律拘束力的协议（参见《裁决》第217段和第245段），并以此为由，认定中菲之间没有《公约》第281条所称的有关争端解决方式的“协议”，这是对“协议”含义的曲解。《公约》第281条所称的“协议”强调合意的行为，不拘泥于合意的形式，而仲裁庭却仅仅从意思表示的形式和载体方面来认定是否存在协议，忽视了合意行为本身即可构成“协议”这一根本，有悖《公约》相关条款的通常含义和立法精神。
