（二）从真实目的和实际效果看，菲律宾提起仲裁都是否定中国在南海的领土主权，仲裁庭却对此选择性失察
仲裁庭在适用前述第二项标准时，未经论证就武断地认为，“菲律宾的诉求获得认可对于其主权主张没有任何影响”，裁定诉求不涉及主权问题（参见《裁决》第153段）。事实证明，菲律宾诉求的“真实目的”和“实际效果”都直接针对中国在南海的领土主权主张，涉及主权问题。
大量证据表明，菲律宾提起南海仲裁案意在否定中国对黄岩岛和南沙群岛的领土主权。
例如，2013年1月22日，即菲律宾启动仲裁程序当天，菲律宾外交部发布一份仲裁程序问答文件（参见《艾伯特·德尔·罗萨里奥部长的声明：对中国提起的<公约>仲裁程序是为了和平而持久地解决“西菲律宾海”的争端》，http://www.gov.ph/2013/01/22/dfa-guide-q-a-on-the-legal-track-of-the-unclos-arbitral-proceedings/ ，最后访问时间：2016年6月8日），其中明确宣称本案是“为了保护我们国家的领土和海域”（问答1和问答3），声称不要“放弃我们的国家主权”（问答15），强调“我们的行动是为了保卫我们的国家领土和海域”（问答26）。
再如，2014年7月，菲律宾总统府出台《2014年国情咨文技术报告》，将南海仲裁案列在“通过推动法治维护领土完整”项下（参见报告第64至65页）。翌年7月出台的《2015年国情咨文技术报告》又将该案列在“保护国家领土和边界”项下（参见报告第61至62页）。
可见，菲律宾提起仲裁案的“真实目的”就是为了将其非法窃取中国南沙岛礁的行为合法化，其所谓“未要求仲裁庭就主权问题作出裁决”的说法完全是弥天大谎。
国际司法或仲裁机构在审理案件时，负有义务查明当事方在案件内外的所有相关官方表态，以准确判断其诉求的“真实目的”。在1974年澳大利亚-法国核试验案中，国际法院认为，“确定争端的真实事项及诉求的目的和目标……必须将申请书作为一个整体考虑，包括原告在法庭上的论述，提请法院注意的外交换文和原告方政府所作的公开声明”（判决第30段，另参见1974年新西兰-法国核试验案判决第31段）。1995年，国际法院应新西兰请求对1974年新西兰-法国核试验案有关情势进行审查时，再次重申了这一要求（参见法院所作命令第56段）。本案中，仲裁庭对菲律宾公开表达的提起仲裁的“真实目的”视而不见，极不正常。
仲裁庭没有客观评估其处理菲律宾诉求对中国在南海的领土主权可能产生的“实际效果”。仲裁庭称，“本庭……决意确保裁决既不提升也不贬损任何一方在南海的陆地主权主张”（《裁决》第153段）。但事实恰恰相反，仲裁庭受理和认可菲律宾所提诉求，将不可避免地贬损中国在南海的领土主权。
中国历来对整个南沙群岛享有领土主权。1958年《中华人民共和国政府关于领海的声明》和1992年《中华人民共和国领海及毗连区法》均明确规定，中国的领土包括东沙群岛、西沙群岛、中沙群岛和南沙群岛。这里是将南沙群岛作为整体纳入中国陆地领土。南沙群岛包括众多岛礁，其中的岛、礁、滩、沙等，作为南沙群岛的组成部分，均属于中国的陆地领土。菲律宾主张，美济礁、仁爱礁和渚碧礁等属于低潮高地，不应被据为领土，这直接挑战中国对南沙群岛的领土主权。仲裁庭如果认可菲律宾的诉求，就等于企图否定中国对南沙群岛作为整体享有的领土主权。
仲裁庭如果认可菲律宾关于单个岛礁地位及其海洋权利的诉求，同样是企图否定中国对南沙群岛整体的领土主权。南沙群岛作为整体，拥有领海、专属经济区和大陆架。菲律宾请求仲裁庭裁定中国南沙群岛中少数单个岛礁的地位及其海洋权利，企图变相否定中国基于南沙群岛整体享有的海洋权利，并进而企图否定中国对南沙群岛整体拥有的领土主权。
